秘书处是理事会的常设工作机构。开展日常工作，组织实施年度工作计划，协调各分支机构、代表机构、实体机构开展工作。
钟建立 秘书长 (专职) 海南省生物工程协会
赵 从 副秘书长（兼）海南省生物工程协会
王海妹 副秘书长（兼）海南省生物工程协会
黄东杰 副秘书长（兼） 中国热带农业科学院科技信息研究所
朱锦天 副秘书长（兼） 海南省热带农业资源开发利用研究所
王 毅 副秘书长（兼） 琼州学院生物科学与技术学院
白永莉 副秘书长（兼） 海南职业技术学院