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海南省生物工程协会的最高权力机构是会员大会。理事会是会员大会的执行机构。
理事会下设3个日常运行机构:秘书处、项目发展部和编辑部。
秘书处是理事会的常设工作机构。开展日常工作,组织实施年度工作计划,协调各分支机构、代表机构、实体机构开展工作。